今回使用するReadデータ(生データ)について

発現量データ解析

RNA-seq定量化における範囲重複の扱い方. リードがゲノムの複数箇所にアライメントされている場合、これらのマルチリードを数えるべきか、捨て去るべきか. リードが一意にアライメントされているが、2つ以上の転写産物のアイソフォームによって共有されている場合に、このリードを無視するのか、各転写産物ごとに１回カウントするのか、転写産物の一つに割り当てるのか.

参考文献:

• Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks
• RSEM: accurate transcript quantification from RNA-Seq data with or without a reference genome
• StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads
• Transcriptome assembly from long-read RNA-seq alignments with StringTie2