GSEA

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1. GSEAのサイトにログイン
2. Windows用のGSEAをダウンロード/インストール

Dataの準備 (RNA-seq)

1. HISAT2-Stringtie-PrepDE.py3のアウトプットgene_matrix.csvなどcountデータを準備する. (TPMデータなどの補正データは使用できない.)
2. gene_matrix.csvをDESeq2を用いてNormalized Countsデータに変換する.
3. 以下を参考に*.gct, *.clsを作る.*.gmtは作成またはGSEAサイトなどからダウンロードする.

参考用データ: GCTファイル, CLSファイル, GMTファイル

解析の実行

1. GSEAを起動する.
2. Load data
   • *.gct, *.clsをアップロード. 必要なら*.gmtも.
3. Run GSEA
   • Expression dataset: *.gct
   • Gene set database: 適当なものを選択
   • Number of Permutations: 1000
   • Phenotype labels: *.cls (Treat_versus_Control)
   • Collapse/Remap to gene symbols: Collapse (遺伝子名でなくIDを使用している場合)
   • Permutation Type: gene_set
   • Chip Platform: IDに合わせて適当なものを選択
4. Run
5. GSEA Reports (C:\Users\username\gsea_home\output\配下に結果格納されている.)