使用例

インデックスの作成

hisat2-build -p thread referenceGenome.fa index

アライメントの実行

シングルエンド(SE)の場合

hisat2 -p thread --dta -x index -U SE.fq.gz |
samtools sort -@ thread -O bam - > sorted.bam

ペアエンド(PE)の場合

hisat2 -p thread --dta -x index -1 PE_1.fq.gz -2 PE_2.fq.gz |
samtools sort -@ thread -O bam - > sorted.bam

参考文献

• HISAT2 Mannual
• HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements
• Graph-based genome alignment and genotyping with HISAT2 and HISAT-genotype