使用例

インデックスの作成

bowtie2-build -f referenceGenome.fa index

アライメントの実行

シングルエンド(SE)の場合

bowtie2 -p thread -x index -U SE.fq.gz > |
samtools view -bhS -@ thread -F 0x4 -q 42 - |
samtools sort -@ thread - > sorted.bam

ペアエンド(PE)の場合

bowtie2 -p thread --no-mixed --no-discordant -X 500 -x index -1 PE_1.fq.gz -2 PE_2.fq.gz |
samtools sort -@ thread -O bam - > sorted.bam

--no-mixed: suppress unpaired alignments for PE. --no-discordant: suppress discordant alignments for PE. -X int: maximu fragment length (default: 500).

参考文献

• Bowtie2 Mannual
• Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome
• Fast gapped-read alignment with Bowtie 2