使用例

インデックスの作成

kallisto index -k 31 referenceTranscript.fa.gz -i index 

アライメントの実行

シングルエンド(SE)の場合

kallisto quant -t thread -i index -o outputDir --single -l 200 -s 20 SE.fq.gz

-l 平均フラグメント長. -s 偏差.

ペアエンド(PE)の場合

kallisto quant -t thread -i index -o outputDir PE_1.fq.gz PE_2.fq.gz

Output: abundance.tsv # 1. target_id # 2. length # 3. eff_length # 4. est_caunts # 5. tpm

参考文献

• Kallisto Mannual
• Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification