使用例

インデックスの作成

salmon index -p thread -k 31 -t txGenome -d desc -i index --gencode

アライメントの実行

シングルエンド(SE)の場合

salmon quant -p thread -l A -i index -r SE.fq.gz --validateMappings -o outputDir

ペアエンド(PE)の場合

salmon quant -p thread -l A -i index -1 PE_1.fq.gz -2 PE_2.fq.gz --validateMappings -o outputDir

参考文献

• Salmon documentation
• Salmon Output File Formats
• Fragment Library Types
• Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression