使用例
インデックスの作成
STAR --runThreadN thread --runMode genomeGenerate --sjdbOverhang 100 --genomeDir index --genomeFastaFiles genome.fa --sjdbGTFfile annotation.gtf
アライメントの実行
シングルエンド(SE)の場合
STAR --runThreadN thread --genomeDir index --readFilesIn SE.fq.gz --readFilesCommand gunzip -c --quantMode TranscriptomeSAM --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --outFileNamePrefix outputDir
ペアエンド(PE)の場合
STAR --runThreadN thread --genomeDir index --readFilesIn PE_1.fq.gz PE_2.fq.gz --readFilesCommand gunzip -c --quantMode TranscriptomeSAM --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --outFileNamePrefix outputDir
参考文献