CRAMはリファレンスベースの圧縮方式であり、BAMに比べてファイルサイズを大幅に縮小することができる. 参照配列と異なっているアライメント配列部分だけを記録する方式であるため、元の参照配列が常に存在し、変更されていない必要性がある.