相同性(ホモロジー)とは遺伝子の塩基配列やタンパクのアミノ酸配列が共通の祖先をもつ（進化的に類縁である）ことをいい、それらの配列をホモログという。 ホモログは遺伝子構造が類似し、機能も類似している場合が多い。 ホモログの中、進化の過程における種分化によって生じたと異なる生物に存在し、相同な機能を有する遺伝子群をオルソログという。 進化の過程で遺伝子重複によって生じた遺伝子群をパラログという。 パラログは機能や構造が異なるタンパクをコードする。

配列類似性検索によって遺伝子機能を予測する場合はオルソログを推定する。 相互ベストヒットが有力候補だが、生物種が遠ざかると配列類似性によるオルソログ検出法は必ずしも正しくない。 互いにオルソログ関係にある遺伝子群をオルソログクラスターという。

各種真核生物の遺伝子群から予測されたホモロジーのデータベースにHomologeneがある。