概要

HMMERプログラムはタンパクドメインを検索するために利用する。

使用例

対象配列群sbj.fa.gzに対して指定ドメインdomain_A.hmmを検索するにはhmmsearchを用いる。

$ hmmsearch --cpu 4 domain_A.hmm sbj.fa.gz

指定タンパクのドメイン構成を明らかにするためにはhmmscanを用いる。

前段階としてタンパクドメインのHidden Markov Model (HMM)プロファイルをPfamから入手し、hmmpressを用いて索引を作成する。

$ curl -O ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.gz
$ gunzip Pfam-A.hmm.gz
$ hmmpress Pfam-A.hmm

hmmscanを用いてドメイン構成を出力する。

$ hmmscan --cpu 4 -E 1e-10 -o out Pfam-A.hmm in.fa