デモ
CONDA環境を作成しComplexUpsetをインストールする。
conda create -n demo conda activate demo conda install -c conda-forge r-complexupset jupyterlab r-irkernel # jupyterlab, r-irkernelはJupyter Labを使用する場合のみ必要
CMHADSOシステムのデモデータ001.tar.gzとスクリプトbooltableを使用してデモデータdemo.tsvを作成する。
cmhadso -d 1 # ファイルA, B, C, Dがカレントディレクトリに配置される booltable * > demo.tsv
(JupyterLab上などで)Rを起動しUpsetグラフを描画する。
library(ggplot2) library(ComplexUpset) df = read.table("demo.tsv") upset(df, colnames(df), width_ratio=0.1)