CmhaDSO ComplexUpset

デモ

CONDA環境を作成しComplexUpsetをインストールする。

conda create -n demo
conda activate demo
conda install -c conda-forge r-complexupset jupyterlab r-irkernel # jupyterlab, r-irkernelはJupyter Labを使用する場合のみ必要

CMHADSOシステムのデモデータ001.tar.gzとスクリプトbooltableを使用してデモデータdemo.tsvを作成する。

cmhadso -d 1   # ファイルA, B, C, Dがカレントディレクトリに配置される
booltable * > demo.tsv

(JupyterLab上などで)Rを起動しUpsetグラフを描画する。

library(ggplot2)
library(ComplexUpset)
df = read.table("demo.tsv")
upset(df, colnames(df), width_ratio=0.1)