Lesson項目別分類

• A. データ解析環境の準備:
  • [A1] OS固有の対応事項
  • [A2] ソフトウェアを導入・利用するための環境の準備
  • [A3] プロジェクト管理
• B. データ解析のための基礎技能の習得:
  • [B1] Unixコマンドライン入門
    • 正規表現
  • [B2] 計算機サーバー利用の手引き
  • [B3] R言語入門
  • [B4] Python言語入門
    • 日付時刻
    • python_Genbank
    • python_UMAP
    • python_TPM
    • python_RPKM
    • python_scRNA_QC
    • python_scRNA_NORM_SCALE
  • [B5] 数理・統計・情報理論
  • [B6] アルゴリズム
  • [B7] RDBとSQL
• C. 生物情報解析:
  • [C1] ゲノム情報
  • [C2] データ形式
    • CRAM形式
  • [C3] 生物配列解析
    • アミノ置換スコア
    • E値
    • EMBOSS
    • Needleman-Wunsch法
    • Smith-Waterman法
    • FASTA (software)
    • BLAST
    • BLAT
    • Clustal Omega
    • MAFFT
    • Jalview
    • WebLogo
    • HUMMER
    • JASPAR
    • HOCOMOCO
    • ReMap
    • Cistrome DB
    • ChIP-Atlas
    • GTRD
  • [C4] アライメントデータ解析
  • [C5] 範囲データ解析
    • GenomicFeatures
    • BSgenome
  • [C6] NGSデータ解析入門者に対する手引き
  • [C7] RNA-seqデータ解析
    • HISAT2
    • KALLISTO
    • SALMON
    • STAR
    • stringtie
  • [C8] ChIP-seqデータ解析
    • BOWTIE2
    • MACS2
    • HOMER
    • deeptools
    • bedtools
    • エピゲノム解析論文パラメータ
  • [C9] scRNA-seqデータ解析
    • 10X Genomics
    • Spaceranger
    • Cellranger
    • Seurat
    • alevin fry
    • DoubletFinder
    • scVelo
    • scvi
    • Scanpy
    • Monocle3
    • SingleR
  • [C10] メタゲノム解析
  • [C10] マルチオミクス統合解析
  • [C11] 遺伝と進化
    • IQ-TREE
    • RAxML
    • FastTree
  • [C12] タンパク立体構造
• D. 未分類
  • ホモロジー
  • TSA division
  • TransDecoder
  • GSEA
  • SNP
  • 1000 Genome Project
  • DIAGRAM (GWAS)
  • MAGIC (GWAS)
  • Global Lipids Genetics Consortium (GWAS)
  • Genetic Factors for Osteoporosis Consortium (GWAS)
  • GIANT consortium (GWAS)
  • ICBP (GWAS)
  • TCGA
  • COSMIC
  • gnomAD
  • GWAS Catalog
  • Clinvar
  • OMIM
  • dbVar
  • dbSNP
  • Gencode util
  • togows
  • download_URL
  • MA plot
  • Volcano plot
  • 特徴配列一覧
  • color pallete
  • 遺伝子地図・遺伝的多型
  • MathJax
  • ComplexUpset